| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 2002年6月10日 | 八重山郡与那国町と3市町で検討会「八重山地域合併検討会」設置 |
| 2002年11月25日 | 石垣市,竹富町,与那国町は任意協議会設置で合意 |
| 2002年12月20日 | 竹富町が任意協議会不参加を表明 |
| 2002年12月25日 | 石垣市は与那国町と2市町で任意協議会設置 |
| 竹富町で石垣市,与那国町との3市町での法定協議会設置を求める住民発議,3市町が可決(2003/6月〜6/5) |
| 2003年7月1日 | 与那国町と3市町で法定協議会「八重山地域市町村合併協議会」設置「住民発議」 |
| 合併の是非を問う住民投票の結果 |
| 2004年5月16日 | 竹富町：「賛成(52.3％)」「反対(47.7％)」 |
| 2004年10月16日 | 与那国町：「賛成(35.1％)」「反対(64.9％)」 |
| 2004年10月20日 | 与那国町が合併協議から離脱を表明,単独町制継続へ |
| 2004年10月20日 | 法定協議会「八重山地域市町村合併協議会」を休止 |
| 2004年11月16日 | 2市町で任意協議会設置 |
| 竹富町議会は合併に慎重,竹富町長は石垣市との特例法期限内での合併に前向き |
| 2004年12月17〜20日 | 2市町での法定協議会設置案を石垣市が可決,竹富町が否決 |
| 2004年12月28日 | 法定協議会「八重山地域市町村合併協議会」を解散 |
| 2005年1月25日 | 協議会設置案を竹富町が再度否決 |
| 2005年2月16日 | 協議会設置案を竹富町が三たび否決 |
| 2005年2月28日 | 協議会設置案を竹富町が可決 |
| 2005年3月4日 | 2市町で法定協議会設置 |
| 合併予定期日：2005年10月1日 |
| 新市名最終候補2点：石垣,八重山 |
| 新市名：八重山市(やえやまし) |
| 新市役所：現・石垣市役所 |
| 2005年3月18日 | 合併協定調印式 |
| 2005年3月25日 | 合併関連議案を石垣市が可決,竹富町が否決 |
| 2005年3月28日 | 合併関連議案を竹富町が再度否決 |
| 2005年3月28日 | 竹富町は石垣市との合併特例法期限内での合併を断念 |
| 2005年3月31日 | 2市町での特例法期限内での合併を断念,協議会を休止 |
