| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 2002年6月10日 | 3市町で検討会「八重山地域合併検討会」設置 |
| 2002年11月25日 | 石垣市,竹富町,与那国町は任意協議会設置で合意 |
| 2002年12月20日 | 竹富町が任意協議会不参加を表明 |
| 2002年12月25日 | 石垣市,与那国町の2市町で任意協議会設置 |
| 2003年2月 | 与那国町の合併に関する住民アンケートの結果「早急に必要・いずれ必要(45％)」「どちらかというと必要ない・必要ない(34％)」「わからない(21％)」 |
| 竹富町で石垣市,与那国町との3市町での法定協議会設置を求める住民発議,3市町が可決(6月〜6/5) |
| 2003年7月1日 | 3市町で法定協議会設置「住民発議」 |
| 合併の是非を問う住民投票の結果 |
| 2004年5月16日 | 竹富町：「賛成(52.3％)」「反対(47.7％)」 |
| 2004年10月16日 | 与那国町：「賛成(35.1％)」「反対(64.9％)」 |
| 2004年10月20日 | 与那国町が合併協議から離脱を表明,単独町制継続へ |
| 合併予定期日：2006年3月31日以前 |
| 新市名公募上位10点：石垣,八重山(やえやま),やいま,いしがき,やえやま,八重山(やいま),美海(ちゅらうみ),美ら海(ちゅらうみ),うるま |
| 新市名候補10点：いしがき,石垣,うるま,おもと,新石垣,やいま,八重山(やいま),やえやま,八重山(やえやま),世果報(ゆがふ) |
| 新市名候補3点：石垣,八重山(やえやま),新石垣 |
| 新市役所：現・石垣市役所 |
| 2004年10月20日 | 与那国町が合併協議から離脱を表明 |
| 2004年10月20日 | 協議会を休止 |
| 2004年12月28日 | 3市町での合併を断念,協議会を解散 |
| 石垣市,竹富町は2市町での合併を検討へ→断念→休止 |
