| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 2001年7月18日 | 西之表市,熊毛郡中種子町,南種子町と5市町で研究会「熊毛地区市町村合併調査研究会」設置 |
| 2002年5月10日 | 研究会「熊毛地区市町村合併調査研究会」を解散 |
| 2002年8月1日 | 2町で任意協議会「上屋久町・屋久町任意合併協議会」設置 |
| 2003年2月 | 法定協議会設置を問う住民アンケート(世帯対象)の結果「必要(77.5％)」 |
| 2003年4月1日 | 法定協議会「屋久島地区合併協議会」設置 |
| 合併予定期日：2006年2月24日 |
| 2005年2月27日 | 合併の是非を問う住民投票の結果 |
| 上屋久町：「賛成(50.4％)」「反対(49.6％)」 |
| 屋久町：「賛成(78.5％)」「反対(21.5％)」 |
| 新町名最終候補5点：屋久島(ちょう,まち),屋久の島(やくのしま),やくしま,海峰(かいほう) |
| 新町名：屋久島町(やくしまちょう) |
| 町役場：屋久島クリーンセンター(上屋久町) |
| 2005年3月13日 | 合併協定調印式 |
| 2005年3月14日 | 合併関連議案を屋久町が可決,上屋久町が否決 |
| 2005年3月28日 | 合併関連議案を上屋久町が再度否決 |
| 2005年3月31日 | 合併関連議案を上屋久町が三たび否決 |
| 2005年3月31日 | 特例法期限内での合併申請を断念 |
| 2005年4月28日 | 合併協議を休止 |
| 2005年7月1〜2日 | 上屋久町で合併関連議案に反対した議員(8名)に対する解職請求(リコール)の署名活動→解職請求対象議員(8名)が辞職 |
| 上屋久町で議員(8名)の解職の是非を問う住民投票を実施予定(2005/7/24)→中止 |
| 2005年8月16日 | 上屋久町議補欠選の結果,合併推進の議員が多数に |
| 2005年8月 | 上屋久町議会が「合併協議会の再開と合併推進に関する決議案」を可決 |
| 上屋久町で合併問題に関し,上屋久町議会に対する解散請求(リコール)の署名活動 |
| 2005年9月25日 | 上屋久町の町議会の解散の是非を問う住民投票の結果「解散に賛成(55.9％)」「解散に反対(44.1％)」→解散請求成立,町議会解散 |
| 2005年10月30日 | 上屋久町議選の結果,合併推進の議員が多数に |
| 2005年11月14日 | 上屋久町が屋久町に合併協議再開を申入れ |
| 2006年1月26日 | 協議会を再開 |
| 2006年11月19日 | 上屋久町との屋久町との合併期日の是非を問う住民投票の結果「賛成(38.9％)」「反対(61.1％)」 |
| 2006年11月24日 | 合併予定期日を2007/10/1に変更 |
| 2006年12月8〜日 | 上屋久町で屋久町との合併推進の議員(7名)に対する解職請求(リコール)の署名活動 |
| 2006年12月25日 | 合併協定調印式 |
| 2006年12月27日 | 合併関連議案を2町が可決 |
| 2007年3月15日 | 合併関連議案を鹿児島県議会が可決 |
| 2007年4月16日 | 官報告示 |
