| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 1999年7月2日 | 島原市,南高来郡の17市町で検討会「島原半島市町村合併調査検討委員会」設置 |
| 2001年3月31日 | 検討会「島原半島市町村合併調査検討委員会」を解散 |
| 2002年3月1日 | 島原市は深江町,布津町,有家町の4市町で任意協議会「島原地域任意合併協議会」設置 |
| 2002年3月29日 | 有明町は国見町,瑞穂町と3町で準備会「南高北東部合併推進協議会設立準備会」設置 |
| 2002年5月1日 | 有明町は国見町,瑞穂町と3町で任意協議会「南高北東部合併推進協議会」設置 |
| 2002年6月4日 | 「南高北東部合併推進協議会」から有明町が離脱 |
| 2002年6月10日 | 有明町が加入 |
| 2002年6月13日 | 西有家町が加入 |
| 2002年7月1日 | 深江町,布津町,有家町,西有家町と6市町で法定協議会「島原地域一市五町合併協議会」設置 |
| 合併方式や新庁舎の設置位置などを巡り協議が難航 |
| 2003年3月31日 | 法定協議会「島原地域一市五町合併協議会」を解散 |
| 2003年4月1日 | 2市町で法定協議会設置 |
| 2003年6月 | 島原市で南高来郡と17市町での法定協議会設置を求める住民発議,有明町が議会付議,15町が議会付議せず不成立 |
| 新市名：島原市(しまばらし) |
| 市役所：島原市役所 |
| 2005年3月4日 | 合併協定調印式 |
| 2005年3月23日 | 合併関連議案を2市町が可決 |
| 2005年4月1日 | 合併関連議案を長崎県議会が可決 |
| 2005年5月16日 | 官報告示 |
