| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 1999年7月2日 | 島原市,南高来郡の17市町で検討会「島原半島市町村合併調査検討委員会」設置 |
| 2001年3月21日 | 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町と口之津町,南有馬町との6町での合併を検討へ,口之津町,南有馬町は6町での合併に慎重 |
| 2001年3月31日 | 検討会「島原半島市町村合併調査検討委員会」を解散 |
| 2001年4〜8月 | 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町と4町で口之津町,南有馬町に6町での合併協議を数回にわたり呼掛け,口之津町,南有馬町が拒否 |
| 加津佐町,北有馬町,小浜町,南串山町は口之津町,南有馬町との6町での枠組みを視野に,4町で合併協議へ |
| 2001年10月12日 | 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町と4町で任意協議会「南高南西部合併推進協議会」設置 |
| 島原市が瑞穂町,国見町,有明町,深江町,布津町に合併協議を呼掛け |
| 2002年2月15日 | 加津佐町,口之津町,南有馬町,北有馬町,西有家町は5町での任意協議会設置で合意,有家町は不参加を表明,有家町は島原市や深江町,布津町,西有家町などとの合併を検討へ |
| 2002年2月23日 | 加津佐町,口之津町,南有馬町,北有馬町,西有家町の5町で任意協議会「南高南部合併推進協議会」設置 |
| 2002年3月1日 | 深江町,布津町,有家町は島原市と4市町で任意協議会「島原地域任意合併協議会」設置 |
| 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町,口之津町,南有馬町との6町や,有家町,西有家町を含む8町での広域合併も視野に検討へ |
| 2002年4月15日 | 4町が口之津町,南有馬町,西有家町に任意協議会「南高南部合併推進協議会」との合流(7町での合併協議)を提案,口之津町,南有馬町,西有家町が拒否 |
| 2002年4月16日 | 加津佐町が「南高南部合併推進協議会」から離脱 |
| 2002年5月17日 | 西有家町が「南高南部合併推進協議会」から離脱を表明 |
| 2002年5〜6月 | 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町と4町で口之津町,南有馬町に6町での合併協議を呼掛け,口之津町,南有馬町が拒否 |
| 2002年6月7日 | 西有家町が「南高南部合併推進協議会」から離脱 |
| 2002年6月13日 | 西有家町が「島原地域任意合併協議会」に加入 |
| 2002年6月17日 | 加津佐町,北有馬町は小浜町,南串山町と4町での法定協議会設置を検討へ |
| 2002年6月18日 | 北有馬町が「南高南部合併推進協議会」から離脱 |
| 2002年6月24日 | 小浜町が「南高南西部合併推進協議会」から離脱 |
| 2002年6月28日 | 南串山町が「南高南西部合併推進協議会」から離脱 |
| 2002年7月1日 | 深江町,布津町,有家町,西有家町は島原市,有明町と6市町で法定協議会「島原地域一市五町合併協議会」設置 |
| 2002年7月1日 | 南有馬町,口之津町が加津佐町,北有馬町に4町での合併協議を申入れ |
| 2002年7月 | 合併の枠組みを問う住民アンケートの結果 |
| 加津佐町(世帯対象)：「口之津町,北有馬町,南有馬町(46％)」「島原地域(24％)」「愛野町,吾妻町,瑞穂町,国見町,千々石町,小浜町,南串山町(22％)」 |
| 北有馬町：「島原地域(84％)」「加津佐町,口之津町,南有馬町(14％)」 |
| 口之津町,南有馬町は島原地域との広域合併に慎重,周辺自治体との小規模な合併を検討へ |
| 加津佐町,北有馬町は小規模な合併に慎重,広域合併を検討へ |
| 2002年7月15日 | 加津佐町,北有馬町が南有馬町,口之津町からの申入れを拒否 |
| 加津佐町は愛野町,吾妻町,瑞穂町,国見町,千々石町,小浜町,南串山町との合併を検討へ→断念 |
| 北有馬町は島原市を中心とした合併を検討へ→断念 |
| 2002年8月31日 | 任意協議会「南高南部合併推進協議会」を解散 |
| 2002年9月1日 | 南有馬町,口之津町の2町で法定協議会「南高南部地域合併協議会」設置 |
| 2003年3月 | 南有馬町で島原市,有明町,深江町,布津町,有家町,西有家町,北有馬町との8市町での法定協議会設置を求める住民発議,北有馬町が議会付議,6市町が議会付議せず不成立 |
| 2003年3月31日 | 合併方式や新庁舎の設置位置などを巡り協議が難航,法定協議会「島原地域一市五町合併協議会」を解散 |
| 2003年4月1日 | 深江町,布津町,有家町,西有家町の4町で任意協議会「雲仙地域任意合併協議会」設置 |
| 2003年4月7日 | 口之津町,南有馬町が加津佐町,北有馬町に4町での合併協議を申入れ,加津佐町,北有馬町は深江町,布津町,有家町,西有家町を含めた広域合併を検討 |
| 2003年6月 | 島原市で南高来郡と17市町での法定協議会設置を求める住民発議,有明町が議会付議,15町が議会付議せず不成立 |
| 2003年6月16日 | 加津佐町,口之津町,南有馬町,北有馬町が加入 |
| 2003年7月30日〜8月4日 | 8町での法定協議会設置案を6町が可決,口之津町,南有馬町が否決 |
| 2003年8月13日 | 口之津町,南有馬町を除く6町での法定協議会設置を検討へ |
| 2003年9月4日 | 任意協議会「南高南西部合併推進協議会」を解散 |
| 2003年9月5日 | 加津佐町,北有馬町,西有家町,有家町,布津町,深江町の6町で法定協議会設置 |
| 口之津町,南有馬町との8町での合併協議再開を視野に,8町の任意協議会「雲仙地域任意合併協議会」を継続 |
| 2003年10月12日 | 合併の枠組みを問う住民投票の結果 |
| 口之津町：「雲仙地域8町(86.5％)」「南有馬町(13.5％)」 |
| 南有馬町：「雲仙地域8町(83.7％)」「口之津町(16.3％)」 |
| 2003年10月14日 | 口之津町,南有馬町は8町での合併を検討へ |
| 2003年11月14日 | 口之津町,南有馬町が参加を申入れ |
| 2003年11月30日 | 法定協議会「南高南部地域合併協議会」を解散 |
| 2003年11月30日 | 任意協議会「雲仙地域任意合併協議会」を解散 |
| 2003年12月1日 | 口之津町,南有馬町が加入 |
| 有家町は新市役所の設置位置などに難色 |
| 2004年9月10日〜10月13日 | 加津佐町,口之津町,南有馬町,有家町の各議会は合併協議から離脱を検討へ |
| 2004年12月15〜16日 | 口之津町,有家町が合併協議から離脱を表明,他の枠組みでの合併も検討へ,他6町は8町での合併協議継続を検討へ |
| 2004年12月18日 | 有家町を除く7町での合併の可能性も検討へ |
| 2005年1月19日 | 有家町が合併協議復帰を表明,8町での合併協議再開で合意 |
| 2005年1月24日 | 協議会を再開 |
| 新市名公募上位10点：原城,南高(なんこう),南島原,有馬(ありま),普賢(ふげん),南雲仙,南高来(みなみたかき),有明,平成,島南(とうなん) |
| 新市名候補6点：南高,原城,南島原,有馬,普賢,南光(なんこう) |
| 新市名最終候補2点：原城(はらじょう),南島原 |
| 新市名：南島原市(みなみしまばらし) |
| 市役所：西有家町役場(新庁舎設置までの間) |
| 新庁舎：合併後10年以内に有家町内に設置へ |
| 2005年3月4日 | 合併協定調印式 |
| 2005年3月8〜16日 | 合併関連議案を8町が可決 |
| 2005年4月1日 | 合併関連議案を長崎県議会が可決 |
| 深江町で合併に関する住民投票条例案を否決した深江町議会に対する解散請求(リコール)の署名活動 |
| 2005年4月17日 | 深江町の町議会解散の是非を問う住民投票の結果「解散に賛成(56.2％)」「解散に反対(43.8％)」→解散請求成立,町議会解散 |
| 2005年5月16日 | 官報告示 |
