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[101440]で、
右端が部品数です。河内長野が6で一番大きくなっています。実感とも合っているように思います。
としましたが、「かさい＋となみ＝さかいみなと」も部品数6で難易度最大になり、これはちょっと実感との乖離を感じます。

そこで、興味深いテーマでもあるので、複数の評価尺度で掘り下げて難易度の高い順に並べてみました。一覧表の「移動数」から「採用率」が評価尺度で、左側ほど優先される尺度になります。支配している尺度は移動数と部品数で、この2つで難易度がほぼ決まります。逆行数は難易度の高い部分の細分化、採用率は難易度の低い部分の細分化に寄与しています。各々の尺度の定義は次のとおりです。

移動数：市1と市2の間を読みが移動する回数（「なかがわ＋ちの＝かわちながの」は3回、「かさい＋となみ＝さかいみなと」は1回）
部品数：読みを部品として展開した場合の部品数（部品展開欄参照）
逆行数：読みが逆行する回数（「なかがわ＋ちの＝かわちながの」は「な・が」が逆行するので2回）
採用率：市1と市2の文字数合計のうち市3に使われている文字数の比率で、高いと難易度低い（「諏訪＋加賀＝須賀川」は1/4で25%）

難易度	市1		市2		市3	部品展開	移動数	部品数	逆行数	採用率
1	那珂川市	なかがわ	茅野市	ちの	河内長野市	か＋わ＋ち＋な＋が＋の	3	6	2	20%
2	三郷市	みさと	逗子市	ずし	土佐清水市	と＋さ＋し＋み＋ず	3	5	3
3	津久見市	つくみ	井原市	いばら	つくばみらい市	つく＋ば＋み＋ら＋い	3	5	1
4	八尾市	やお	嘉麻市	かま	岡山市	お＋か＋や＋ま	3	4	1
｜	甲斐市	かい	志摩市	しま	釜石市	か＋ま＋い＋し	3	4	1
6	高山市	たかやま	戸田市	とだ	大和高田市	やま＋と＋たか＋だ	3	4	1	50%
7	春日市	かすが	三浦市	みうら	かすみがうら市	かす＋み＋が＋うら	3	4
｜	鹿屋市	かのや	美馬市	みま	上山市	か＋み＋のや＋ま	3	4
｜	伊賀市	いが	志木市	しき	石垣市	い＋し＋が＋き	3	4
10	伊佐市	いさ	関市	せき	伊勢崎市	い＋せ＋さ＋き	3	4		33%
11	笠間市	かさま	津市	つ	松阪市	ま＋つ＋さ＋か	2	4	2
12	桐生市	きりゅう	佐賀市	さが	龍ケ崎市	りゅう＋が＋さ＋き	2	4	1
｜	あま市	あま	志木市	しき	昭島市	あ＋き＋し＋ま	2	4	1
｜	嘉麻市	かま	八女市	やめ	亀山市	か＋め＋や＋ま	2	4	1
｜	那珂市	なか	男鹿市	おが	長岡市	な＋が＋お＋か	2	4	1
16	阿波市	あわ	甲斐市	かい	赤磐市	あ＋かい＋わ	2	3
｜	志摩市	しま	男鹿市	おが	塩竈市	し＋おが＋ま	2	3
18	諏訪市	すわ	加賀市	かが	須賀川市	す＋かが＋わ	2	3		25%
19	那珂川市	なかがわ	津市	つ	中津川市	なか＋つ＋がわ	2	3		50%
20	加西市	かさい	砺波市	となみ	境港市	さ＋か＋い＋み＋な＋と	1	6	3
22	水戸市	みと	土佐市	とさ	富里市	と＋み＋さ＋と	1	4	2
｜	坂井市	さかい	砺波市	となみ	境港市	さかい＋み＋な＋と	1	4	2
｜	堺市	さかい	砺波市	となみ	境港市	さかい＋み＋な＋と	1	4	2
24	つがる市	つがる	志摩市	しま	鶴ヶ島市	つ＋る＋が＋しま	1	4	1
25	射水市	いみず	大津市	おおつ	泉大津市	い＋ず＋み＋おおつ	1	4	1	50%
｜	射水市	いみず	佐野市	さの	泉佐野市	い＋ず＋み＋さの	1	4	1	50%
27	あま市	あま	佐久市	さく	天草市	あま＋く＋さ	1	3	1
｜	富士市	ふじ	能美市	のみ	ふじみ野市	ふじ＋み＋の	1	3	1
｜	伊佐市	いさ	多摩市	たま	さいたま市	さ＋い＋たま	1	3	1
｜	伊佐市	いさ	甲斐市	かい	西海市	さ＋い＋かい	1	3	1
｜	宇土市	うと	甲斐市	かい	東海市	と＋う＋かい	1	3	1
32	三木市	みき	津市	つ	君津市	き＋み＋つ	1	3	1	33%
｜	佐久市	さく	津市	つ	草津市	く＋さ＋つ	1	3	1	33%
34	富山市	とやま	郡山市	こおりやま	大和郡山市	やま＋と＋こおりやま	1	3	1	50%
35	能美市	のみ	加茂市	かも	美濃加茂市	み＋の＋かも	1	3	1	75%
｜	日立市	ひたち	那珂市	なか	ひたちなか市	ひたち＋なか	1	2
｜	敦賀市	つるが	志摩市	しま	鶴ヶ島市	つるが＋しま	1	2
｜	安芸市	あき	志摩市	しま	昭島市	あき＋しま	1	2
｜	伊那市	いな	志木市	しき	稲敷市	いな＋しき	1	2
｜	富士市	ふじ	美濃市	みの	ふじみ野市	ふじ＋みの	1	2
｜	津市	つ	志摩市	しま	対馬市	つ＋しま	1	2
42	佐賀市	さが	三原市	みはら	相模原市	さが＋みはら	1	2		25%
43	津市	つ	志摩市	しま	津島市	つ＋しま	1	2		33%
｜	那珂市	なか	津市	つ	中津市	なか＋つ	1	2		33%
45	日立市	ひたち	太田市	おおた	常陸太田市	ひたち＋おおた	1	2		50%
｜	出水市	いずみ	大津市	おおつ	泉大津市	いずみ＋おおつ	1	2		50%
｜	香美市	かみ	天草市	あまくさ	上天草市	かみ＋あまくさ	1	2		50%
｜	出水市	いずみ	佐野市	さの	泉佐野市	いずみ＋さの	1	2		50%
｜	小松市	こまつ	志摩市	しま	小松島市	こまつ＋しま	1	2		50%
50	和泉市	いずみ	大津市	おおつ	泉大津市	いずみ＋おおつ	1	2		75%
｜	和泉市	いずみ	佐野市	さの	泉佐野市	いずみ＋さの	1	2		75%
52	大和市	やまと	郡山市	こおりやま	大和郡山市	やまと＋こおりやま	1	2		100%
｜	大阪市	おおさか	狭山市	さやま	大阪狭山市	おおさか＋さやま	1	2		100%
｜	美濃市	みの	加茂市	かも	美濃加茂市	みの＋かも	1	2		100%

「みと＋とさ＝とみさと」と「さかい＋となみ＝さかいみなと」が同順位というのはちょっと違うかなと思いますが、逆行数の定義を少し複雑になりますが補正すると改善できるでしょう。個人的には難易度の実感に近づいているように思いますがいかがでしょうか。