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[81100]と関連するのですが、敢えて別稿に。
同稿で、小字の調査方法について一部記述がありますが、同稿で触れた知人から紹介を受けたサイトをご紹介します。

登記・供託オンライン申請システム(登記ねっと供託ねっと)

以前、登記情報提供サービスをご紹介したことがありますが、データに関しては共用している部分が多いようです。

登記情報提供サービスは、地番区域が大字単位の場合、小字の表示が出ません。大字単位で付番しているため、現実に小字が存在しても、検索には不要であるためです(もっとも、実際に登記簿(現在ではほとんど電算化しているため、「登記事項証明書」と呼ぶ)を取った場合、小字が存在した場合は、もちろん記載されています)。
最近では、小字がなく、町・大字から直接地番となる例も増えてきていますが([66921]拙稿)。

登記・供託オンライン申請システム(登記ねっと供託ねっと)の「かんたん証明書請求」を使用します。
事前に登録(無料)をしておけば、本当に全部事項証明書を正式に請求できますが(有料)、無料で利用できる範囲で有意義なものもあります。
この「かんたん証明書請求」を使うと、地番区域が大字単位であっても、小字の表示が出てきます。市町村ごと、町・大字ごとに、下階層へとたどることができます。これらの調査までは無料です。
個々の地番の情報(所有者、地積、地目等)を得ようとすると、有料となりますが、無料のメニューの範囲内で、小字の有無・名称を調べることはできます。

ただし、注意点があります。
閉鎖登記簿(現在の情報ではなく、土地の合筆などによって現在では存在しなくなった地番の情報)をも得ることができるように対応しているため、その結果として、現在では存在しなくなった市町村はもとより、廃止された町・大字、小字が記載されていることがあります。市町村名は過去のものであるか否かは少し調べると容易にわかりますが、町・大字、ましてや小字は、現在も存在するのか否か、は、容易には分かりません。個別情報を「有料」で調べればもちろんわかるのですが、無料でたどり着ける範囲では、混在している可能性が十分にあるので、完全な資料とはなりません。
もう一つ。例えば○○郡○○町に「大字△△」があり、その中に字(小字)が「字□□」「字☆☆」の2つが表示されたとします。このうち、「字☆☆」は既に廃止されているかもしれない、というのは上述のとおりですが、この場合、すべて「字□□」に組み込まれたのか、それとも、「大字△△９９９番９」と、小字そのものが廃止されて直接地番となるのが正しいのか。つまり、現在は「字□□」「字☆☆」「小字なし地域」の３とおりあるのかどうか、がわからないことです。
「小字なし地域」との区分があれば明確で便利なのですが。

こういった点にご留意の上、(利用時間に制限はありますが、)ご利用してみては如何でしょうか。
＃私は、試しに香川県内の全小字を、(他の作業と並行して)抽出・リスト化中です。