私もそれほど詳しいわけではないのですが、何か誤解されたまま話が進んでいるようなので、、、
[64088]で、まつもとしろくま さんも言われていますが、
ICカードを利用する場合、大都市近郊区間でなくてもICカード利用可能エリアなら最短ルートでの運賃計算となるようです。
というのも、運賃計算の基本となる旅客営業規則とは別に、ICカード乗車券取扱約款というのが定められているために、細かいところで切符を買う場合とICカードで乗車する場合で運賃の計算方法が異なっています。(参考:
JR西日本約款のページ)
話題になったところでは、伯備線経由で岡山-総社を移動する場合、切符を買うときは経路どおりの運賃を払う必要がありますが、イコカを使用すると合法的に吉備線経由の安い運賃で乗ることができます。
逆に、切符を買った方がカード使用時より安くなる場合もあります。
約款の読み方が正しいかどうか分かりませんが、カードを使う場合は、切符では認められていない「区間の重複」も認められているようにもとれます。そうであれば、話の発端である
[64085]のペーロケさんの移動も、カードであれば問題ないことになります。
カードであれば、いくら長い距離を移動しても、途中下車もできませんし、有効期間も入場した当日のみですので、極力計算を簡単にしたいということではないでしょうか。